Por fortuna se trata de una cobertura que tiende a asimilarse a la del régimen general de trabajadores, con la salvedad de que debe ser el propio autónomo quien tramite la baja a través de su mutua o del Instituto Nacional de la Seguridad Social, si bien durante el período de baja estás obligado a seguir pagando la cuota mensual a no ser que estés dado de alta como trabajador autónomo dependiente económicamente.

La incapacidad temporal (IT) empieza a ser efectiva a partir del cuarto día de enfermedad, en el que se cobra el 60% de la base de cotización hasta el día 20, a partir del día 21 se cobra el 75% de la base de cotización el mes anterior.